از آثار چاپ شده او، دو جلد كتاب فهرست كتب خطي كتاب خانه مدرسه عالي سپهسالار و يك جلد فهرست كتب خطي كتاب خانه مجلس شورا مي باشد كه مورد استفاده محققين نامور مي باشد و جزء منابع معتبر به شمارمي رود.

كتاب ديگر او رساله اي درباره نهج البلاغه است. از آثار ديگر  وي گمشده ها " در مصاريعي كه مثل ساير شده " و كتاب " النظاير و المقتبسات " است. ابن يوسف تا توان داشت، در جلسات كانون دانش و انجمن صدر شركت مي كرد.

ابن يوسف در جمعه سي ام بهمن 1366 هجري شمسي پس از 84 سال زندگي با نيك نامي جهان را بدرود گفت و در آرامگاه حضرت امامزاده ابراهيم رخ در نقاب خاك كشيد. او گاهي شعر مي گفت و اين دو رباعي از اوست:

ديدار تو اي دوست مرا جان بخشد

گفتار روان بخش تو ايمان بخشد

شايسته ز چون تويي بود آيت حسن

كايمان و روان ز روي جانان بخشد

من از دل و جان طالب ديدار توام

آشفته و مدهوش ز رفتار توام

با اين همه بندگي و عجزي كه مراست

پس چيست كه محروم ز ديدار توام؟

مرحوم ابن يوسف شيرازي به سال 1318 ه ش جلد سوم فهرست نسخه هاي خطي كتابخانه مجلس را در 11+ 814 صفحه و فهرست نسخه هاي 789 تا 1205 (جمعا 416 نسخه) را تاليف كرد. ايشان از پيشگامان فهرست نويسي نسخ خطي در ايران محسوب مي شوند كه در اين زمينه مبدع و نوآور بوده اند و ديگر فهرست نويسان از ايشان تاثير پذيرفته اند. فهرست نويسي ايشان به لحاظ تتبع و دقتي كه ملازم كار ايشان بود، از اعتبار بالايي برخوردار است.